System wyposażony jest w wygodne mechanizmy służące do prowadzenia w firmie rozliczeń związanych z podatkiem od towarów i usług VAT. Wszystkie dokumenty o charakterze finansowym podlegające ewidencji VAT automatycznie przenoszone są do odpowiednich rejestrów i podrejestrów, bez konieczności wykonywania dodatkowych transmisji, czy przeniesień. Wszystkie rejestry i deklaracje podlegają przeglądaniu i drukowaniu.

W MagresNET (SQL) istnieje także typ dokumentu finansowego, który nie musi podlegać rozrachunkom VAT (decyzja Użytkownika), służący do rejestrowania w programie takich należności i zobowiązań, które nie wykazywane są później w rejestrach zakupu i sprzedaży VAT. Przykładowym zastosowaniem Innych dokumentów (bo tak nazywa się omawiana kategoria) może być np. odnotowywanie prowizji i opłat bankowych, płatności ZUS i US, rozliczeń z pracownikami, itd.

Obsługa Rejestrów VAT w systemie MagresNET (SQL) skoncentrowana jest wokół najważniejszych deklaracji i rejestrów:

rejestr sprzedaży VAT - rejestr sprzedaży VAT gromadzi dokumenty związane ze sprzedażą podlegającą ewidencji VAT. Do rejestru przenoszone są automatycznie następujące typy dokumentów: faktura krajowa, faktura eksportowa, dostawa wewnątrzwspólnotowa, oraz faktura na zaliczkę. Dodatkowo, zgodnie z przepisami dotyczącymi obowiązku rejestrowania obrotu VAT z podmiotami z Unii Europejskiej, do rejestru sprzedaży trafiają także niektóre typy faktur wewnętrznych.

rejestr zakupu VAT - w rejestrze zakupu VAT gromadzone są zapisy dotyczące dokumentów zakupowych zarejestrowanych w systemie. Do rejestru przenoszone są automatycznie następujące typy dokumentów: faktura zakupu krajowa oraz faktura zakupu na zaliczkę. Dodatkowo, zgodnie z przepisami dotyczącymi obowiązku rejestrowania obrotu VAT z podmiotami z Unii Europejskiej, do rejestru zakupu trafiają także niektóre typy faktur wewnętrznych.

rejestr dostaw importowych - rejestr dostaw importowych wykorzystywany jest w systemie do gromadzenia informacji o imporcie towarów spoza obszaru Unii Europejskiej (informacje pochodzą z faktur zakupu typu import towarów).

deklaracje VAT - program umożliwia dynamiczne naliczanie, drukowanie i przechowywanie deklaracji podatkowych VAT: VAT-7 oraz VAT-UE. Ogromnym ułatwieniem dla użytkownika jest traktowanie przez program deklaracji na identycznych zasadach jak dokumenty. Dzięki temu deklaracje można wygodnie wyszukiwać, przeglądać i drukować.