MagresNET (SQL) oferuje wygodne mechanizmy wystawiania, przeglądania, analizowania i rozliczania magazynowo-finansowych dokumentów sprzedaży i zakupu. Wyposażony jest także w bogate możliwości wprowadzania powiązań między dokumentami i wygodnego poruszania się pomiędzy nimi, a także przepisywania i kopiowania pozycji pomiędzy różnymi typami dokumentów. Standardowo też, wszystkie dokumenty (oraz wyniki przeglądania dokumentów w systemie) podlegają drukowaniu i zapisowi do najczęściej spotykanych formatów plików (.doc, .xls oraz .pdf).

Ponieważ wystawianie dokumentów różnego typu i przeznaczenia to bodaj najczęściej wykonywana czynność przez Użytkowników programów do zarządzania firmą, dołożono wszelkich starań, aby zarówno sam proces wystawiania jak i późniejsze przeglądanie i analizowanie informacji związanych z dokumentami były intuicyjne, wygodne i łatwe do opanowania nawet dla Użytkowników o niewielkim "wyrobieniu" informatycznym.

Z punktu widzenia typów dokumentów i ich funkcji w obrocie gospodarczym, w MagresNET (SQL) wyróżnić można następujące rodzaje dokumentów:

dokumenty magazynowe - ich rolą jest przychodowanie i rozchodowanie wyrobów, towarów oraz materiałów w ramach zarejestrowanych w programie magazynów: wydanie zewnętrze (WZ), rozchód wewnętrzny (RW), przesunięcie międzymagazynowe (MM), przyjęcie zewnętrzne (PZ), przyjęcie wewnętrzne (PW), bilans otwarcia (BO), a także rozbudowany system remanentów.

dokumenty finansowe - obciążające bilans rozliczeń z kontrahentami, oraz powodujące wszelkie konsekwencje finansowe (m.in. naliczenie podatku VAT): faktury sprzedaży (FA) sprzedaż paragonowa (SP), faktury zakupu (FZ), faktury wewnętrzne (FW ), faktury na zaliczkę (FSZ), faktury zakupu na zaliczkę (FZZ).

dokumenty korygujące - MagresNET (SQL) wyposażony jest w system korekt umożliwiający wielokrotne korygowanie dokumentów źrodłowych: korekty cenowe (korekta cenowa sprzedaży, korekta cenowa zakupu, korekta stawki VAT, korekta faktury wewnętrznej, korekta faktury na zaliczkę) oraz zwroty (zwrot od odbiorcy, zwrot od dostawcy, korekta bilansu otwarcia).

zamówienia - umożliwiają wprowadzanie informacji o towarach zamawianych przez odbiorców oraz u dostawców, jak również dokonywanie niezbędnych rezerwacji w przypadku zamówień odbiorców: zamówienia od odbiorców, zamówienia do dostawców oraz pełniące specyficzną rolę faktury pro forma.

inne dokumenty - spełniają funkcje niestandardowe i specjalne, ułatwiają pracę z programem i umożliwiają Użytkownikowi bogate możliwości wykorzystania programu: Inne dokumenty służyć mogą np. do odnotowywania wpływów i wydatków nie podlegających ewidencji VAT.